In SpellForce 2: Shadow Wars neemt de speler de rol van de Avatar. Je moet voorkomen dat Eo, de wereld uit SpellForce, en zijn vele rassen worden overlopen door een sinistere nieuwe vijand. Als de Avatar moet je de invasie van de Pact weerstaan. Je zult nieuwe allianties moeten aangaan om dit te doen. Je kotm er echter snel achter dat nog sinistere krachten aan het werk zijn in je eigen lichaam.

Je moet allerlei queestens oplossen en obstakels overwinnen net als in klassieke RPG’s, maar ook moet je strategische uitdagingen aangaan als leider van hele legers, net als in een real-time-strategy-game. Je zult drie verschillende facties leiden: The Realm, The Clans en The Pact en allerlei hoofdkwartieren bouwen om grondstoffen te verzamelen en troepen te verzamelen. Ook wordt je geholpen door een groep helden die je kunt aanpassen met allerlei unieke vaardigheden, spreuken en een groot aanbod aan items, wapens en bepantsering.

Spelers kunnen kiezen uit meer dan honderd Avatar-vaardigheden, die ervoor zorgen da spelers zeer unieke personages en tactieken kunnen ontwikkelen. Je kunt met drie verschillende facties spelen die elk twaalf verschillende units hebben: infanterie, cavalerie en vliegende units. De game is coöperatief met vrienden te spelen, maar ook kun je het tegen elkaar opnemen.