Bionicle Heroes is gebaseerd op het populaire gelijknamige LEGO-merk. Je hebt twee rassen Bionicle, de goede Toa en de slechte Piraka. De speler bestuurt een krijger van de Toa, Inika. Beide rassen zijn op het eiland Voya Nui op zoek naar de Mask of Live.

Bionicle Heroes is een actiegame die naast het neerschieten van je tegenstanders ook voor een belangrijk deel draait om het vinden van maskers. De verschillende maskers geven je verschillende krachten, zo kun je met een bepaald masker over water lopen en met een andere kun je muren verslepen. Bionicle Heroes heeft naast allerlei verschillende maskers ook allerlei wapens die je kunt gebruiken in de verschillende levels. Deze levels brengen je in een vuurwereld, een ijswereld en een tropische wereld.

De game kent een flinke variatie aan wapens, die ook nog eens vaak opmerkelijke functies hebben. Zo is er een geweer dat de grond laat schudden of een geweer wat &8211;zodra het oververhit is geraakt- als zwaard kan worden gebruikt. Daarnaast kent ieder wapen ook één, twee of soms wel drie upgrades. Zo is er een upgrade waarmee je kunt locken op tegenstanders, maar voor datzelfde wapen is ook nog een upgrade waarmee je bijvoorbeeld sneller tegenstanders kunt afschieten.

De Nintendo DS-versie van het spel maakt gebruik van de DS-specifieke besturing. Zo moet je het hele spel besturen met de stylus en kun je via het onderste scherm van wapens wisselen.