Nu Rufus en Goal eindelijk weer bij elkaar zijn, zou de wereld van hun geliefde Deponia toch weer veilig moeten zijn? Je kunt er gif op in nemen dat dat natuurlijk niet het geval is. In Chaos in Deponia moet er weer flink gepuzzeld worden om de wereld te redden van een naderende ondergang.

Rufus is de held van het verhaal. Hij woont op een schroothoop ergens in een uithoek van Deponia. Het is zijn doel om te ontsnappen naar een vliegende stad genaamd Elysium. Dit heeft hij al ontzettend vaak geprobeerd. Daarom viel hij en zit hij nu opgescheept met een mysterieus meisje genaamd Goal.

Voor Rufus is dit alleen maar een teken om het nog een keer te proberen. Zo probeert hij een weg terug te vinden en Elysium te bereiken. Natuurlijk werkt de pech van Rufus door en in het vervolg Chaos on Deponia gaat het avontuur rustig verder. Een nieuwe dag betekent een nieuwe poging om te ontsnappen uit deze zooi. Oh, dat, en de twee helden moeten Deponia redden van de chaos die voor een naderende ondergang zorgt.