Sam, Alex en Clover besluiten te gaan samenwonen in hun droomhuis. Het leven zou niet toffer kunnen zijn tot ze erachter komen dat ze hun huis per ongeluk boven een ondergronds centrum van de geheime dienst hebben geplaatst. Om een catastrofaal probleem met hun beveiliging te voorkomen besluit Jerry, de baas van het centrum, hun in dienst te nemen.

Het spel draait om een serie minigames die verdeeld zijn over tien speelborden en een showroom. Op elk bord kunnen één tot drie spelers strijden tegen een “slechterik”. De spelers moeten vallen zetten en de minigames winnen om populariteitspunten te verdienen. Het doel van elk speelbord is om zoveel mogelijk populariteitspunten te verdienen voordat de slechterik met een val wordt geslagen.

Met de populariteitspunten kan vervolgens de mooiste baljurk worden gekocht, kun je meedoen in een modeshow en het populairste meisje van de school worden. In de modeshow moet je je kleding showen op een catwalk en moet je als eerste op het podium eindigen. Totally Spies! Totally Party bevat drie speelbare personages: Alex, Sam en Clover. Bovendien kunnen er meer dan twintig outfits worden vrijgespeeld voor elk personage.