De Jedi's staan op het punt uitgeroeid te worden door de Sith Assasins en jij zult deze brute moordenaars moeten stoppen en de republiek moeten redden van de ondergang. Met de taak om The Old Republic te beschermen ga je als goede Jedi van start. Wanneer je vordert in het spel zul je óf overstappen naar de dark side óf proberen om de republiek op de goede manier te redden aan de zijde van de light side. Het lot van de republiek ligt in jouw handen.

KOTOR II: The Sith Lords is net als zijn voorganger een bevat een actievolle RPG. Dit deel bevat een geheel nieuw verhaal, nieuwe wapens en nieuwe rassen. In het spel kun je bovendien gebruik maken van 30 nieuwe 'Force'-krachten. Zo kun je je vijanden bijvoorbeeld tegen elkaar opzetten en door deuren heen kijken.