Terroristen hebben een raket met atoombom gestolen om Londen weg te blazen. Het korte bereik van de raket is een probleem, maar geld is dat absoluut niet. De terroristen vinden een handlanger in Ilya Rakov, de zoon van de Russische miljardair en wapenhandelaar Aleksandr Rakov.

Ilya zorgt voor een schip waarmee de terroristen de raket in de buurt van Londen kunnen brengen. Ook zal hij de enige personen die het plan in gevaar kunnen brengen ombrengen: Steve en Sandy Fletcher. Steve en Sandy zijn officieren bij de Amerikaanse marine. Aleksandr Rakov walgt van de plannen van zijn zoon en roept de hulp in van de huurmoordenaar Austin Hawke om Steve te helpen en beschermen.

The Mark bevat twee singleplayercampaigns verdeeld in zes hoofdstukken en 18 levels. De game heeft twee speelbare personages die ook allebei in de multiplayermodus gebruikt kunnen worden. Die multiplayer bevat zowel een coöperatieve als een Deathmatchmodus.

In The Mark heb je de beschikking over vijftien verschillende wapens, van de AK 47 tot de FA MAS. Je kunt zelf bepalen hoe je de game speelt: je kunt al schietend de levels door, maar ook sluipend. Als je de game helemaal grijs hebt gespeeld is het mogelijk om ook zelf mods en multiplayer-maps te maken in de level editor.