Crysis: Warhead is de opvolger van Crysis en is net als die game een first person shooter. Ook draait de game om hetzelfde verhaal waarin globale spanningen een hoogtepunt bereiken als de Verenigde Staten en Noord Korea strijden rond de Zuid-Chinese zee. Op het spel staat een mysterieus artefact dat is ontdekt door een team van Amerikaanse acheologen. De Noord Koreaanse overheid bezet het gebied snel en de Verenigde Staten reageren door een Special Forces-eliteteam op een reddingsmissie te sturen.

Tijdens de belegering wordt de ware aard van het artefact al gauw duidelijk. Dit artefact bewijst het bestaan van buitenaardse wezens op aarde en ontketent bovendien een enorme buitenaardse invasie. De strijd om de aarde te redden begint als de buitenaardsen de tropen in een flits bevriezen in een spookachtig wit ijslandschap.

Hoewel het verhaal hetzelfde is, maak je het in Warhead op een hele andere manier mee. Dit keer speel je namelijk als Sergeant 'Psycho' Sykes, een van de meer kleurvolle karakters uit de originele Crysis. Het verhaal loopt parallel met dat van de Delta Force-held Nomad uit het eerste deel. Dit verhaal vertelt hoe het er aan toeging aan de andere kant van het eiland.

Net als in het eerste deel spelen aanpasbare wapens en het nanopak een grote rol. Met dat pak kun je jezelf voor korte duur voorzien van speciale krachten. Je kunt bijvoorbeeld ervoor kiezen supersterk of juist heel snel te worden. Psycho's nanopak is uitgebreider dan dat van Nomad, hij kan kiezen uit een groter arsenaal aan volledig aanpasbare wapens en hij kan beschikken over nieuwe voertuigen. Ook bevat de game uiteraard weer een multiplayer-modus.