Sinds de Great War is er meer dan een jaar verstreken. Tijdens die oorlog zijn de meedogenloze Chaos-legers door het hele land getrokken. Nog steeds wordt er een harde strijd geleverd op veel plekken in The Olde World. Delen van het verslagen Chaos-leger hebben zich teruggetrokken in de afgelegen Northern Wastes, terwijl anderen in vijandige groeperingen zijn verdeeld. Binnen deze stammen staan nieuwe kampioenen op die proberen de strijdkrachten van Chaos te herenigen. Uiteindelijk falen ze allen in hun bedoelingen. Niemand kan de kracht van hun gevallen leider, Asavar Kul, evenaren.De verenigde krachten van de Empire en de High Elfs jagen op de overgebleven Chaos-strijders, omdat de kleine vijandelijke groeperingen nog steeds een gevaar vormen in de grensgebieden. Vier volledig speelbare legers (Empire, Chaos, Skaven en High Elves) gaan met elkaar in gevecht. Ook vier andere rassen die gecommandeerd kunnen worden, mengen zich in de strijd (Orcs, Dwarfs, Vampires en Goblins).Warhammer: Mark of Chaos is een real-time-strategy-game die helemaal draait om oorlog en die zich richt op de legers en de strijd. Het onderhouden van een basis en zoeken van grondstoffen is van een aanzienlijk kleiner belang. Tijdens de gevechten worden enorme demonen en duizenden andere personages tegelijk op het scherm getoverd. In de strijd is de omgeving ook vaak een slachtoffer. Bossen, moerassen, vlaktes en toendra's zijn volledig vernietigbaar. Belangrijk in elk leger zijn de Heroes en Champions die nieuwe tactieken leren, nieuwe vaardigheden vrijspelen, steeds grotere eenheden kunnen commanderen en zelfs andere Champions kunnen uitdagen voor een duel tot de dood. Geen leger hoeft er bovendien hetzelfde uit te zien dankzij het feit dat legers volledig naar eigen smaak zijn aan te passen. Lichaamsdelen kunnen worden verwisseld, wapens en bepantsering worden verbeterd, eenheden kunnen worden gekleurd en vlaggen worden aangepast.Naast een uitgebreide singleplayer-modus bevat Warhammer: Mark of Chaos een multiplayer-modus waarin spelers zowel met elkaar als tegen elkaar kunnen spelen.