Spore draait om vijf periodes die je doorloopt om van je zelfgemaakte creatie op microniveau een allesheersende leider op macroniveau te maken. In het beginstadium moet je een microbe maken en deze zal groeien wanneer je deze voedert. Op dat moment kun je met tal van opties je eigen creatie vormgeven naar wens, waardoor je een uniek beestje krijgt. Nadat je creatie voldoende gegroeid of geëvolueerd is, gaat de game een stapje verder door de wereld op grotere schaal in beeld te brengen. Dit brengt weer andere gameplay-elementen met zich mee. Het ultieme doel is om het universum te domineren en online elkaars zelfgecreëerde planeten en organismen uit te wisselen. Op deze manier kan je universum uitdijen tot miljoenen planeten wat er toe leidt dat je eindeloos nieuwe dingen kunt ontdekken in Spore.

Je kunt niet alleen je eigen ras maken, maar ook hele omgevingen kun je naar wens invullen zoals huizen, planten en transportmiddelen. Deze mogelijkheden zijn verspreid over de vijf perioden. De eerste periode bevat een 2D-wereld waarin jouw creatie in een waterpoel op microscopisch niveau rondzwemt en zo zijn voedsel vergaart. Hierin is het eten of opgegeten worden. In de tweede fase gaat de game naar een 3D-perspectief. Je creatie komt aan land en begint te evolueren. Je kunt hier al een aantal belangrijke keuzes maken zoals de keuze tussen herbivoor of carnivoor. In de derde fase krijg je een lokale bevolking onder je hoede die je zo goed mogelijk moet leiden, zodat deze zich kan evolueren. De vierde fase laat je hele steden bouwen en de daarbij behorende economie op poten zetten, terwijl je concurrerende bevolkingen moet overnemen. De laatste fase is de grootste fase en hierin heb je het gehele universum tot je beschikking, waarbij je alle planeten kunt verkennen en veroveren.