Silent Hunter III is, net als haar voorgangers, een letterlijk en figuurlijk diepgaande duikbootsimulatie. In het spel commandeer jij een U-boot en moet je verscheidene missies voltooien terwijl je op reis bent door de vele zeeën en oceanen.
Het spel kent een compleet nieuwe grafische techniek. Alle duikboten, schepen en andere objecten zijn zeer authentiek nagemaakt. De techniek zorgt onder andere ook voor een dynamisch weersysteem. Hierdoor kan het zomaar gaan stormen, hard waaien, zonnig zijn of bewolkt worden.
Spelers moeten rekening houden met alle facetten van de duikboot, waaronder dus ook de bemanning. Je kunt zelf de torpedo's afvuren, maar je kunt het ook door de bemanning laten doen. Zo zijn er nog veel meer scenario's die je tegen komt in Silent Hunter III.